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                本周HPC范畴研讨及使用项目:以低本钱HPC推进艾滋病毒疫苗研讨等

                2019-12-02 12:09泉源:HPCwire
                导读:在基因组剖析情况中使用低本钱HPC的一个用例:用于剖析大型抗体序列和病毒数据集的平凡台式盘算机的三节点陈列,为研制艾滋病毒疫苗效劳。

                处理 LSST 天空观察中的盘算应战

                加州大学的J.安东尼·泰森写道:"十年来,大型综合天空观察(LSST)每周都市深化天空。在本文中,Tyson 讨论了 LSST 数据的宏大性(数百 PB),以及高功能盘算怎样协助处理与将数据转换为信息模仿、产物和其他剖析相干的应战。

                作者:J.安东尼·泰森

                剖析与 HPC 的"第一次打仗"

                随着研讨职员在越来越多的范畴运用 HPC,理解新用户怎样与 HPC 东西交互变得越来越紧张。本文由匈牙利和西班牙的一个研讨小组撰写,研讨了Eötvás Loránd大学的一组植物举动研讨职员,他们初次与HPC零碎停止了交互。作者讨论了实行后果,夸大了非专家在学习运用HPC零碎时能够面对的题目。

                作者:本斯·费迪南德、安格尔·曼努埃尔·格雷罗-希格拉斯、埃瓦·韦尔德伯、奥德姆·米克洛西和维森特·马泰伦

                以低本钱HPC推进艾滋病毒疫苗研讨

                这些作者(来自南非的一个研讨小组和约翰霍普金斯大学)写道,"下一代测序曾经彻底改动了生物学研讨。新技能容许更容易地拜访基因组测序,但它需求拜访弱小的(并且每每是昂贵的)盘算资源。作者描绘了在基因组剖析情况中使用低本钱HPC的一个用例:用于剖析大型抗体序列和病毒数据集的平凡台式盘算机的三节点陈列,为研制艾滋病毒疫苗效劳。

                作者:巴西雷·马布瓦库尔、雷蒙德·罗特、莱斯利·多布罗斯基、彼得·范·赫乌斯登、林恩·莫里斯、凯瑟琳·席珀斯和佩妮·摩尔

                为基于 FPGA 的 HPC 辩护

                在本文中,曼彻斯特大学的一个团队讨论了 HPC 零碎中 FPGA 的近况,夸大了应战和机会。他们专注于对零碎体系构造和互连的要求,以为"此模子需求支持全局内存空间的牢靠、无衔接、硬件卸载传输。他们援用了与基于软件的传输相比耽误进步 25% 的状况,以为他们的处理方案在测试用例中可以优于开始进的 HPC。

                作者:约书亚·兰特、哈维尔·纳瓦里达斯·帕尔马、米克尔·卢扬和约翰·古达克。

                反省 Spark-DIY(以及 HPC/大数据交融)的状况

                HPC 和大数据剖析正在交融。在本文中,来自马德里卡洛斯三世大学和阿贡国度实行室的三人讨论了这种交融,夸大了 Spark-DIY 平台的案例,该平台是新架构模子的原型完成,容许 HPC 和大数据实行模子。作者讨论了 Spark-DIY 的功能后果,并得出结论,这是"以后 HPC 仿真怎样向混淆 ...使用顺序。

                作者:西尔维娜·凯诺-洛雷斯、耶稣·卡雷特罗、博格丹·尼古拉、奥尔本·伊尔迪兹和汤姆·彼得卡

                运用HPC架构剖析停止基因网络推理

                推测基因的调控网络和转换功用是一项紧张但盘算麋集型的义务。这些作者——一个来自巴西的团队——讨论了怎样放慢基因组网络的推理,引入基于CPU和FPGA的基准,并评价其本钱、处置工夫、动力运用和庞大性。他们讨论他们的后果,夸大泰坦XP GPU的功能和R9纳米GPU的本钱效益劣势。

                作者:安德森·马可、马里奥·加齐罗和小大卫·马丁斯

                为微流体使用高功能中标准仿真

                这些作者——来自苏黎世ETH的一个小组——讨论了HPC在微流体中的使用,包罗为制造或药物设计等使用运输颗粒和细胞。它们提供了"一种盘算东西,用于在庞大的微观标准多少外形下对流体和可变形物体停止大范围、高效和高通量的中标准仿真。运用这个东西,研讨职员在Piz Daint上操纵时,完成了绝对于其他开始进的处理方案10倍的速率,Piz Daint是瑞士国度超等盘算中央的超等盘算机,现在在地下排名的超等盘算机中排名第六。

                作者:德米特里·阿列克谢耶夫、卢卡斯·阿穆德鲁兹、谢尔盖·利特维诺夫和彼得罗斯·库穆萨科斯

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                要害词 :
                HPC使用
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