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                insideHPC特殊陈诉:基因组学期间的HPC和AI(三)

                2020-06-08 22:12泉源:中国存储网
                导读:HPC生命迷信的Ready处理方案旨在延长消费工夫,经过专门设计的处理方案进步功能,并经过模块化构建块完成容量和功能的轻松扩展。

                上接第二局部:insideHPC特殊陈诉:基因组学期间的HPC和AI(二)

                应战性

                普遍接纳会障碍特性化医学任务流程的技能以及此类零碎的施行都面对着很多应战。

                知觉

                存在如许一种见解,即基因组剖析只能在数百个节点上或由昂贵的超等盘算机完成。但是,由抢先的供给商(比方Dell Technologies)的专家设计的,包括准确的硬件和软件的优化零碎可以将基因组学剖析带给普遍的研讨职员和用户。在很多状况下,IT部分盼望立刻取得ROI,或许将疾速检查盘算/存储集群的应用率。但是,有能够从小处动手,并随着需求的增长而增长。细心方案此扩展,可以逐渐添加效劳器和存储。

                小用例的投资报答率

                除了从小型零碎开端并随着需求增长而增长的应战之外,小型构造能够没有职员来研讨多种选择或施行逐项购置的途径。由于担忧IT未知,他们能够会辞职而不运用晋级技能。但是,假如提供的交钥匙处理方案只需求很少的IT专业知识,部分或较小的公司就可以应用以后和未来的技能。

                契合FDA

                用于医治和诊断患者疾病的设置装备摆设需求取得FDA的同意(契合性)。临床用处必需接受平安期。但是,FDA已订定了很多与患者安康相干的法例和平安包管,比方与用于促进患者安康的实行室仪器,用具和技能一同运用时的认证。这些平安反省能够令人生畏,因而需求与经历丰厚的供给商效劳团队协作。

                平安

                患者数据显然十分有代价,必需加以维护。基因组学范畴也不破例。实践上,为患者安康记载数据提供平安性乃至更为紧张。必需运用特别的东西,进程和产物来维护患者数据,而且必需契合联邦要求。

                临床理论

                运用电子病历和影像档案的临床大夫必需恪守顺序和规程,以恪守《安康保险携带和责任法案》(HIPAA)和最佳做法。这些理论包罗与专家和专家的种种协商,这些协商能够是也能够不是现有IT根底构造的一局部。由于这些记载可以协助停止医治或诊断,因而它们必需精确且对触及患者医治的患者敏捷可用。

                数据办理

                必需在基因组处理方案中办理少量数据。单个基因组约莫为200GB至300GB。即便数据仅由四个字母构成,而且以TGAC为根底,但一团体中约莫有30亿个这些核苷酸碱基。来自定序器的数据黑白常大的数据文件,必需对其停止拜访,剖析,存储和操纵。剖析基因组会添加对左近存储,暂时存储,档案存储和网络带宽的需求。

                英国国度卫生局

                在英国,卡迪夫大学和英国国度卫生效劳(NHS)团队正在通力合作,以应用HPC零碎的先辈效果来变化大众卫生和特性化医学。大学与构造之间协作的紧张方面之一是,更多的研讨职员和迷信家可以拜访HPC资源。来自各个学科的团队,以及来自基因组学,生物信息学和HPC的专家,可以通力合作抗击流行症并完成特性化医疗保健。

                在这种状况下,超越1,000个用户可以运用软件,东西和硬件停止研讨。这已招致快要10,000个基因组被解码,从而能够医治多种疾病,比方结核病。团队还努力于与人际来往一样,怎样运用AI为心血管疾病患者提供精确牢靠的预后。这比独自的人类可以更快,更精确地确定疾病和后果。

                MRC CLIMB –用于医学研讨理事会(MRC)的微生物生物信息学云根底设备(CLIMB)项目为英国的学术微生物学家提供了微生物生物信息学的抢先网络根底设备,包罗基于云的盘算,存储和剖析东西。作为COVID-19任务的一局部(2020年春季),卡迪夫大学和威尔士大众卫生部(PHW)通力合作,经过对患者基因组停止测序来追踪COVID-19在英国的传达。阅读更多。

                俄勒冈州立大学

                俄勒冈州立大学(OSU)是一所国际性的大众研讨型大学,吸引了来自50个州和100多个国度/地域的人们。OSU基因组研讨和生物盘算中央(CGRB)研讨职员不断在寻求迷信发明。

                CGRB促进了OSU和整个州的生命和情况迷信范畴中以基因组为根底和数据驱动的研讨。

                CGRB对其盘算根底架构提出了宏大需求,并拥有带有AMD EPYC处置器的Dell EMC PowerEdge效劳器。CGRB运用其基于AMD的PowerEdge零碎停止普遍的研讨使用,从量子力学模仿和触及基因表达和超基因组学的任务量到寒带丛林物种多样性的研讨。

                基因组中央生物盘算助理总监克里斯托弗·沙利文(Christopher Sullivan)表现:“我们测试每个硬件,无论您能否置信,戴尔EMC都是独一可以接受我们在这些设置装备摆设上停止的任务范例的效劳器。” OSU研讨与生物盘算。

                圣地亚哥超等盘算机中央

                圣地亚哥超等盘算机中央(SDSC)是一个多学科的盘算设备,可满意浩繁研讨职员的需求。随着盘算需求的不时添加,SDSC必需不时晋级其零碎。Petaflops必需继续牢靠地交付给需求这种盘算才能的研讨职员。SDSC的最新零碎名为“ Expanse”,包括93,000个盘算内核,旨在为来自美国各地的50,000多论理学术和行业研讨职员提供效劳。

                SDSC副总监Shawn Strande表现:“从零碎的配合设计开端,SDSC和Dell EMC就与Comet树立了很好的协作干系。” “关于Expanse,我们与Comet一同运用的团队是一个由工程师和使用专家构成的专家组,他们真正理解任务量并分享我们的设计理念。”

                实用于生命迷信的Dell EMC Ready处理方案

                为HPC和AI开辟的技能正在敏捷开展,以效劳于很多需求这种盘算功能的学科。戴尔技能公司不断是为医疗保健和生命迷信行业提供最新处理方案的向导者。除了提供基于AMD®EPYC™处置器的初级PowerEdge效劳器外,戴尔技能公司另有专家在场与您一同设计和施行当今行业中一些开始进的任务流程。

                戴尔技能公司曾经创立了一系列停当处理方案,这些处理方案颠末高度优化和调解,可用于种种行业。HPC生命迷信的Ready处理方案旨在延长消费工夫,经过专门设计的处理方案进步功能,并经过模块化构建块完成容量和功能的轻松扩展。HPC Life Sciences的停当处理方案可放慢零碎设计和摆设,使构造敏捷进步消费力。

                借助针对生命迷信的Dell EMC Ready处理方案,构造可以从小范围开端开展,以满意研讨职员和迷信家不时增长的需求。由于整个根底架构旨在开展,因而很容易添加更多的盘算或存储容量。运用Dell Technologies的零碎,从第一天开端就支持聚集。戴尔技能专家可以为您提供可满意您继续需求的可扩展处理方案。

                戴尔技能共同地提供了普遍的技能组合,可提供支持乐成的数据剖析和AI施行的初级盘算处理方案。

                凭仗普遍的产物组合,多年的经历以及由精选的技能和效劳协作同伴构成的生态零碎,Dell Technologies提供了创新的处理方案,任务站,效劳器,网络,存储和效劳,这些处理方案可低落庞大性并使您可以应用数据剖析,HPC和AI。

                实用于HPC生命迷信的Dell EMC Ready处理方案可以从带有AMD EPYC 7000系列处置器的PowerEdge效劳器开端。可以轻松添加效劳器减速器,以明显进步某些使用顺序的功能。包罗高功能网络以及用于进步I / O功能的并行文件零碎。理解有关Dell EMC生命迷信停当处理方案的更多信息。

                别的,戴尔技能HPC和AI创新实行室团队坚持抢先位置,测试新技能以及调解算法和使用顺序,以协助客户跟上不时开展的情势。这个由行业和技能专家构成的团队可以经过延长设计周期和设置装备摆设工夫来协助客户更快地取得后果。并且,您可以
                在Dell Technologies环球客户处理方案中央之一中停止带有观点验证的近程测试。

                择要

                IDC的研讨标明,戴尔技能公司在效劳器供给方面既是支出方面,又是贩卖数目方面处于天下抢先位置。戴尔技能无限公司是可信任的协作同伴,可满意您对生命迷信行业各个方面的最苛刻的IT需求。从基因组学到盘算化学,Dell Technologies拥有丰厚的经历和专家,可以协助抢先的构造施行和扩展其高功能盘算零碎。您可以从小处动手,并依据需求生长。戴尔技能公司创立了优化的处理方案来满意这些需求,而且一直可以为您处理最顺手的HPC和AI应战。

                下载完好的InsideHPC特殊陈诉:Dell Technologies提供的基因组学期间的HPC和AI

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                要害词 :
                HPC AI
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